Tobačne naprave zahtevajo redno čiščenje. V ta namen se uporabljajo čistilne palčke za enkratno uporabo ali čistila za roke za večkratno uporabo. Za boljše rezultate lahko čistilne palčke namočite v čistila (npr. izopropil alkohol ali polivinil alkohol). Palice, namočene v ustrezen alkohol, so veliko boljše pri odstranjevanju smeti z naprave.
Čistilne palice se običajno prodajajo v pakiranjih po več deset. Pogostost njihove uporabe je odvisna od priporočil proizvajalca. Večina komercialno dostopnih palčk je univerzalnih, zato so primerne za čiščenje grelnikov različnih proizvajalcev.
Po drugi strani pa čistilna sredstva niso nič drugega kot majhne krtačke za odstranjevanje ostanki segretega tobaka. Pogostost čiščenja s čistilnim sredstvom prilagodite količini nabrane umazanije. Priporočljivo je čiščenje vsaj enkrat na zavoj tobačnih palčk.
Koristni dodatek za uporabo v grelnikih tobaka so okrogli filtri, ki zmanjšajo nastajanje umazanije v notranjosti naprave. Zahvaljujoč temu pogosto čiščenje grelnika (po vsakem segrevanju tobaka) ni potrebno.